监外执行确实会留下案底。案底是指犯罪记录，被人民法院判处刑罚的犯罪分子会有犯罪记录。监外执行是对犯罪分子实施的刑罚，只是改变了刑罚的执行场所和执行方式。在公安系统内部，监外执行的案底是可以查出来的。
需要注意的是，如果犯罪时不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，相关犯罪记录应当被封存。这意味着，对于这部分人群，虽然案底存在，但不会对外公开，普通单位和私人无法查询到。
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